En 2003, después de cuatro años de actividades en Buenos Aires, la sede se trasladó a un nuevo edificio cuya inauguración contó con la presencia del Rector del Ateneo y de figuras clave del ámbito político, cultural y educativo argentino.
La primera sede de la Representación de la Università di Bologna en Buenos Aires se inauguró después de la firma del Tratado de Colaboración Científico-Cultural entre Argentina e Italia en abril de 1998. La ceremonia de apertura se realizó el 29 de octubre de ese año con una conferencia de Umberto Eco, docente del Ateneo de Bologna, y contó además con las intervenciones de las máximas autoridades de ese momento, el Embajador de Italia Giovanni Jannuzzi y el Rector de la Universidad Prof. Favio Roversi Monaco.
Casi cuatro años después, el 2 de abril de 2003, y ante la necesidad de dar respuesta a la actividad creciente de la sede, se inauguró un nuevo edificio de la sede. La nueva casa reafirmó el compromiso que el gobierno de Italia y las autoridades de la Università tienen con el país desde su desembarco en 1998. La conferencia de apertura estuvo a cargo del nuevo Rector del Atento, Ing. Pier Ugo Calzolari; la entonces Ministro de Educación, Ciencia y Tecnología de la Argentina, Dra. Graciela Giannettasio; el Director de UniBo BA, Prof. Giorgio Alberti, y el Ministro para la Producción de la Región Emilia Romagna, Dr. Duccio Campagnoli.
En ese acto el Rector Calzolari renovó la confianza en el país como pilar cultural y educativo de la región al anunciar la implementación de nuevos proyectos de cooperación que reforzarán los lazos existentes entre las universidades de ambos países y fortalecerán las relaciones científico-culturales.
Por su parte, la Ministra Giannettasio felicitó al Rector y a las autoridades de la Sede por el cumplimiento de las normativas vigentes en el país en materia de educación, que permitieron que UniBo BA fuera acreditada oficialmente por el Ministerio de Educación. La funcionaria reiteró su compromiso con UniBo y agradeció la labor educativa que en ella se promueve en términos de formación, investigación y asistencia técnica.
La celebración de inauguración de la nueva sede concuyó con un seminario internacional sobre "Universidad, Empresa y Gobierno Local: una clave para el desarrollo", que contó con la presencia del entonces Secretario de Políticas Universitarias del Ministerio de Educación, Ciencia y Tecnología de la Nación, Dr. Juan Carlos Pugliese; el entonces Rector de la Universidad Nacional de Buenos Aires Dr. Guillermo Jaim Echeverry; el Magnifico Rector de la Università di Bologna, Prof. Pier Ugo Calzolari; el Director de UniBo BA Prof. Giorgio Alberti; rectores de numerosas universidades nacionales y privadas, y personalidades del ámbito educativo, cultural y empresarial.
El seminario resaltó el rol de la academia como espacio generador de conocimiento y agente de transferencia tecnológica en un contexto de respeto a las particularidades culturales dentro de un escenario global. El encuentro concluyó con la firma de un acuerdo de cooperación de gran alcance entre la sede y el ministerio de Educación de la Nación.