Los orígenes de la Università di Bologna la señalan como la primera universidad del mundo occidental. Su historia se entrelaza con la vida de grandes personajes de la ciencia y las letras de Europa, y su evolución la convirtió en una referencia clave del actual panorama europeo.
La historia de la Università di Bologna tiene orígenes muy antiguos: su nacimiento data convencionalmente del año 1088, fecha que fue fijada por un Comité de estudiosos en historia conducido por Giosué Carducci.
La institución que llamamos Universidad comenzó a delinearse en Bologna a finales del siglo IX, cuando los maestros de gramática, de retórica y de lógica inician sus estudios en derecho.
Las primeras figuras de las cuáles se posee documentación son Pepone e Irnerio. En 1158 Federico I promulga la Costitutio Habita y la Universidad se trasforma por ley en un lugar en el cual la investigación se desarrolla independientemente de cualquier otro poder.
Desde el siglo XIV, se suman a las escuelas jurídicas las de los "artistas", y en el 1364 se instituye la enseñanza de la teología. Entre los asistentes a los claustros de Bologna se encuentran Dante Alighieri, Francesco Petrarca, Guido Guinizelli, Cino da Pistoia, Cecco d’Ascoli, Re Enzo, Salimbene da Parma y Coluccio Salutati.
En el siglo XV se crearon cursos de griego y hebreo, y en el siglo XVI Bologna se transforma en un lugar para los nuevos estudios aristotélicos. Entre sus profesores resaltan Robortello y el filósofo Pietro Pomponazzi.
Durante el siglo XVI Gaspare Tagliacozzi realiza los primeros estudios de cirugía plástica. El período de oro de la medicina bolognesa coincide con la enseñanza de Marcello Malpighi en el siglo XVII, que recurre al microscopio para la investigación anatómica.
En el siglo XVIII la Università se hace eco del desarrollo científico y tecnológico que sigue a la Revolución Industrial. De este período se destacan los estudios de Luigi Galvani, que con Alessandro Volta, Benjamin Franklin y Henry Cavandish, quien fuera uno de los fundadores de la electrónica moderna.
En 1888 se celebra el octavo centenario del Studium, evento grandioso que reúnce en Bologna a todas las universidades del mundo para honrar a la Madre de las Universidades. La ceremonia se convierte en una fiesta internacional del estudio ent anto las universidades reconocen a Bologna como su origen.
La Universidad continuó manteniendo esta posición de centralidad en la escena de la cultura mundial hasta el período de entreguerras. La Universidad se ve encaminada entonces llamada a tomar un camino de actualización y crecimiento. Entre los desafíos enfrentados con éxito, la Universidad se comprometió con la nueva dimensión europea que conduciría a la innovación del sistema universitario.